Professor Bernhard Renard leitet das Fachgebiet „Data Analytics and Computational Statistics“ am Hasso-Plattner-Institut (HPI) in Potsdam und hat gemeinsam mit seinem Team den neuen Vorhersageansatz entwickelt. Biomedizinische Fragestellungen sind ein Schwerpunkt seiner Forschungsarbeit.
Kurzbeschreibung des Forschungsprojekts:
Die Vorhersage, ob eine neuartige Virussequenz Menschen infizieren kann und sie zum Wirt werden oder nicht, ist sehr schwierig und bisher nur begrenzt möglich. Wissenschaftler am HPI haben nun hierfür ein Verfahren entwickelt, was basierend auf tiefen neuronalen Netzwerken und großen Sammlungen viraler Genome und deren bekannten Wirtsorganismen Vorhersagen trifft. Ein Fokus liegt dabei auf der Interpretierbarkeit der Vorhersagen und der Visualisierung der Zusammenhänge, die zu einem entsprechenden Prognoseergebnis der neuronalen Netzwerke führte. So wird dargestellt, welche spezifischen Genompositionen auf eine Anpassung an den menschlichen Wirt hinweisen und dies an Beispielen von nicht zum Training verwendeten und damit für den Algorithmus neuartigen Ebola- oder Coronaviren.
Eine genaue Projektbeschreibung finden Sie hier: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.29.925354v2.full.pdf
