Das Hasso-Plattner-Institut verleiht gemeinsam mit der Universität Potsdam die akademischen Grade des Doktors der Naturwissenschaften (Dr. rer. nat.) oder des Doktors der Ingenieurwissenschaften (Dr.-Ing.). Doktoranden können als Mitarbeiter an einem der Fachgebiete oder als Stipendiaten der HPI Research School promovieren. In beiden Fällen ist es nötig, sich für die Dauer des Promotionsstudiums an der Universität Potsdam einzuschreiben. Für die Promotion am Hasso-Plattner-Institut gilt die Promotionsordnung der Mathematisch-Naturwissenschaftlichen Fakultät mit der Übernahmeordnung der Digital-Engineering-Fakultät.
Bei inhaltlichen Fragen steht der betreffende Fachgebietsleiter zur Verfügung. Über die Formalitäten des Promotionsstudiums informiert die Studienberatung des HPI.