Generalmajor Jürgen Setzer trat 1980 als Offizieranwärter des Heeres in die Bundeswehr ein. An die Ausbildung zum Jägeroffizier schloss sich ein Studium der Informatik an der Universität der Bundeswehr in München an. Es folgten Verwendungen als Zugführer, S2-Offizier und Kompaniechef. Ab 1992 absolvierte er den Generalstabslehrgang an der Führungsakademie der Bundeswehr in Hamburg. Nach einer Verwendung als Generalstabsoffizier im Führungsgrundgebiet 4 des II. Korps in Ulm nahm er an der Generalstabsausbildung der US-Army am Command and General Staff College in Fort Leavenworth, USA, teil.
Auf die Tätigkeit als Abteilungsleiter G3 der Panzerbrigade 14 folgte in den Jahren 2000 und 2001 die Zeit als Kommandeur des Panzergrenadierbataillons 122 in Oberviechtach. Er wurde danach als Referent im Planungsstab des Bundesministeriums der Verteidigung eingesetzt, gefolgt von Verwendungen als Abteilungsleiter G3 und Chef des Stabes der Division Spezielle Operationen. Im Anschluss leitete er das Zentralreferat beim Inspekteur des Heeres im Führungsstab Heer des Bundesministeriums der Verteidigung.
Im Jahr 2008 übernahm er die Führung der Luftbeweglichen Brigade 1 in Fritzlar, bevor er 2011 Chef des Stabes im Heeresführungskommando in Koblenz wurde. Als Kommandeur des Kommandos Strategische Aufklärung in Grafschaft-Gelsdorf verantwortete er von 2012 bis 2015 das Militärische Nachrichtenwesen der Bundeswehr. Darauf folgte die Verwendung als Chef des Stabes im Kommando Streitkräftebasis.
Er verfügt über Einsatzerfahrung aus Einsätzen auf dem Balkan und in Afghanistan.
Seit April 2018 ist Generalmajor Jürgen Setzer Stellvertreter des Inspekteurs Cyber- und Informationsraum, Chief Information Security Officer der Bundeswehr (CISOBw) und Beauftragter Weltraum des Kommandos Cyber- und Informationsraum.
Generalmajor Jürgen Setzer (geb. 1960) ist verheiratet und Vater zweier Kinder.