Hasso-Plattner-InstitutSDG am HPI
Hasso-Plattner-InstitutDSG am HPI
  
Login
 

13.04.2021

News

CovRadar: Neue Plattform zur Überwachung von SARS-COV-2-Mutationen

Mutationen können gravierende Auswirkungen auf das Infektionsgeschehen und die Maßnahmen zu deren Eindämmung haben. Zur kontinuierlichen Überwachung haben Forschende des Hasso-Plattner-Instituts (HPI), des Robert-Koch-Instituts (RKI), des Europäischen Virus-Bioinformatik Instituts (EVBC) und der Medizinischen Hochschule Hannover daher gemeinsam mit CovRadar eine neue interaktive Plattform zur molekularen Überwachung des Corona-Spike-Proteins entwickelt, auf das die meisten Impfstoffe abzielen.

Dass Viren mutieren ist normal. Doch Mutationen können große Auswirkungen auf das Infektionsgeschehen und die Maßnahmen zu deren Eindämmung haben und müssen daher kontinuierlich überwacht werden. Gemeinsam haben Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des Hasso-Plattner-Instituts (HPI), des Robert-Koch-Instituts (RKI), des Europäischen Virus-Bioinformatik Instituts (EVBC) und der Medizinischen Hochschule Hannover daher mit CovRadar eine neue interaktive Plattform zur molekularen Überwachung des Corona-Spike-Proteins entwickelt, auf das die meisten Impfstoffe abzielen. Sie verbindet einen Analyseprozess und eine Web-Anwendung, die die Analyse und Visualisierung von über einer Million Sequenzen ermöglichen. Dafür erstellt CovRadar aus Genomregionen ein multiples Sequenz-Alignment und bestimmt daraus Varianten, Konsensus-Sequenzen und phylogenetische Stammbäume. Die Ergebnisse werden in einer interaktiven PDF-ähnlichen App präsentiert, die eine schnelle, einfache, exportierbare und flexible Auswertung ermöglicht. Dabei sind durch die vielfältigen Filteroptionen sowohl Echtzeit- als auch retrospektive Analysen möglich. Gleichzeitig erlaubt eine interaktive Deutschland-Karte auch die Betrachtung der Verbreitung von Mutationen in verschiedenen Regionen. CovRadar ist frei zugänglich unter: https://covradar.net/ und wird auch vom Krisenstab des Robert Koch-Instituts (RKI) genutzt.

 „Unser Ziel ist es, Sequenzinformationen über die neue Plattform CoVRadar leichter und nutzerfreundlicher zugänglich zu machen, insbesondere für Virologen und Epidemiologen sowie den Krisenstab des RKI, damit wir notfalls sehr schnell auf Mutationen reagieren können“, so Professor Bernhard Renard, Leiter des Lehrstuhls Data Analytics and Computational Statistics und des CovRadar-Projekts am HPI in Potsdam sowie Mitglied des Wissenschaftlichen Beirats des Robert-Koch-Instituts (RKI). „Das HPI konnte hier in kurzer Zeit eine entsprechend skalierbare Plattform mit den verschiedenen Visualisierungsmöglichkeiten beisteuern und eine Basis für die schnelle Interpretation am RKI liefern.