Nur rund 60 Master-Studienplätze vergibt Deutschlands Exzellenzzentrum für IT-Systems Engineering pro Jahr, um Studieren in kleinen Gruppen und gute Betreuung durch die Professoren zu garantieren. Die Studierenden genießen die Vorzüge einer privat finanzierten Ausbildungsstätte, ohne Studiengebühren zu zahlen. Neben vertieften Kenntnissen auf unterschiedlichen Gebieten wie der Betriebswirtschaftslehre und des Projektmanagements werden auch so genannte weiche Fähigkeiten (Soft Skills) vermittelt, die wichtig für die erfolgreiche Leitung großer IT-Projekte sind - zum Beispiel Kommunikation, Teamführung und Präsentationstechnik. Im dritten Semester absolvieren die Studierenden ein Masterprojekt.
Im Masterstudiengang des HPI erklären erfahrene Dozentinnen und Dozenten auch die wichtigsten Schritte zur Unternehmens- und Existenzgründung. Neben der Theorie stehen dabei vor allem praktische Aspekte im Vordergrund. So vermitteln beispielsweise Start-up-Unternehmer eigene Erfahrungen. Darüber hinaus veranstaltet das Institut alle zwei Jahre einen eigenen Businessplan-Wettbewerb, so zuletzt auch 2014 wieder. Partner ist der Wagniskapitalfonds Hasso Plattner Ventures. Mittlerweile gibt es schon mehr als 30 Firmengründungen von HPI-Absolventen. Die meisten davon haben ihren Sitz in Berlin oder Potsdam.