Die konzeptionelle Phase zur Entwicklung der HPI Schul-Cloud begann 2016. Bereits 2017 starten die ersten 27 Pilotschulen vom MINT-EC e.V., einem nationalen Excellence-Schulnetzwerk mit mehr als 300 Schulen, die schrittweise an die HPI Schul-Cloud angebunden werden sollen. Das Pilotprojekt, das vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) gefördert wurde, konnte so schnell wichtige Erfahrungen in den Schulen sammeln und die Entwicklung darauf ausrichten. Aspekte der Datensicherheit und des Datenschutzes hatten bei der Entwicklung einen hohen Stellenwert. Entsprechende Experten, wie etwa der Arbeitskreis Schulen der Landesdatenschutzkonferenz, wurden von Projektbeginn an beteiligt.

Anfang 2018 schloß das Projekt mit dem Land Niedersachsen den ersten Ländervertrag und ging mit der Niedersächsischen Bildungscloud (NBC) die erste länderspezifische Zusammenarbeit ein. Im Jahr darauf folgten weitere Kooperationen mit den Ländern Brandenburg und Thüringen: Die Schul-Cloud Brandenburg und die Thüringer Schulcloud wurden gegründet. 2020 schloß sich außerdem das Zentralamt für Auslandsschulwesen dem gemeinsamen Vorhaben an, so dass die HPI Schul-Cloud international auf allen Kontinenten zum Einsatz kam.

Die Ausbreitung des Coronavirus 2020 stellte Schulen und das HPI Schul-Cloud-Team vor neue große Herausforderungen. Zur schnellen Unterstützung der Schulen in der Coronakrise stellte das BMBF im März MIttel bereit, so dass die HPI Schul-Cloud deutschlandweit von allen interessierten Schulen genutzt werden konnte.Auch wurde ein Kooperation mit der Wikimedia Deutschland e.V. und der edu-sharing.net e.V. gefördert. Beide Vereine sind Mitglieder des Bündnis Freie Bildung und betreuen die Einbindung weiterer freier pädagogisch-didaktischer Lerninhalte in den Lern-Store der HPI Schul-Cloud.

Viel schneller als ursprünglich vorgesehen, wurde die HPI Schul-Cloud in der Corona-Pandemie ausgerollt und unterstützte so viele Tausende Schulen beim digitalen Unterricht. Binnen eines halben Jahres gewann die HPI Schul-Cloud bundesweit 3.500 Schulen hinzu. Im Dezember 2020 schnellt die Zahl der Nutzer auf mehr als eine Million. Zeitgleich wurde das System technologisch auf die neuen Bedürfnisse ausgerichtet. So wurde beispielsweise ein Videokonferenzsystem für das Lernen von zu Hause integriert. Der Lern-Store mit digitalen Bildungsinhalten wurde erweitert, sodass Lehrkräfte sowohl länderspezifische als auch bundesweite Lehrmaterialien nahtlos in ihren Unterricht nutzen konnten. Zudem konnten dank vieler Neuentwicklungen weitere wichtige Anwendungen in die Plattform integriert werden, sei es ein digitales Whiteboard oder ein interaktive Lernanwendungen, wie Bettermarks.

Mit dem Auslaufen des Forschungsprojekts am HPI am 31. Juli 2021 wurde die HPI Schul-Cloud von den Bundesländern Niedersachsen, Brandenburg und Thüringen in den Regelbetrieb überführt, die landesspezifische Varianten der HPI Schul-Cloud anbieten und diese gemeinsam weiterentwickeln werden. Mehr als 4.000 Schulen und damit 1,4 Millionen Lehrer und Schüler arbeiteten zum Zeitpunkt der Übergabe bundesweit sowie an den deutschen Auslandsschulen mit der HPI Schul-Cloud. Den technischen Betrieb und auch die technische Weiterentwicklung der Schul-Cloud für die drei Länder übernahm der IT-Dienstleister Dataport AöR.