Die konzeptionelle Phase zur Entwicklung der HPI Schul-Cloud beginnt im Jahr 2016. Bereits 2017 starten die ersten 27 Pilotschulen des Projektpartners MINT-EC, einem nationalen Excellence-Schulnetzwerk mit mehr als 300 Schulen, die schrittweise an die HPI Schul-Cloud angebunden werden sollen. Das Pilotprojekt, das vom BMBF gefördert wird, kann so schnell wichtige Erfahrungen in der Praxis mit den Schulen sammeln und Fortschritte erzielen. Aspekte der Datensicherheit und des Datenschutzes genießen bei der Entwicklung einen hohen Stellenwert. Entsprechende Experten und Expertinnen, wie etwa der Arbeitskreis Schulen der Landesdatenschutzkonferenz, werden von Projektbeginn an beteiligt.

Anfang 2018 schließt das Projekt mit dem Land Niedersachsen den ersten Ländervertrag und geht mit der Niedersächsischen Bildungscloud (NBC) die erste länderspezifische Zusammenarbeit ein. Im Jahr darauf folgen weitere Kooperationen mit den Ländern Brandenburg und Thüringen: Die Schul-Cloud Brandenburg und die Thüringer Schulcloud werden gegründet. 2020 schließt sich außerdem das Zentralamt für Auslandsschulwesen dem gemeinsamen Vorhaben an. Seither kommt die HPI Schul-Cloud International auf allen Kontinenten zum Einsatz.

Die Ausbreitung des Coronavirus stellt Schulen und das HPI Schul-Cloud-Team im Jahr 2020 vor neue große Herausforderungen. Zur schnellen Unterstützung der Schulen in der Coronakrise öffnet das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) im März die HPI Schul-Cloud für alle Schulen, die kein vergleichbares Angebot des Landes oder Schulträgers nutzen können. Das BMBF stellt in dieser Notsituation Soforthilfen für eine Kooperation der HPI Schul-Cloud mit der Wikimedia Deutschland e. V. und der edu-sharing.net e. V. bereit. Beide Vereine sind Mitglieder des Bündnis Freie Bildung und betreuen die Einbindung weiterer freier pädagogisch-didaktischer Lerninhalte in den Lern-Store der HPI Schul-Cloud.

Viel schneller als vorgesehen, wird die HPI Schul-Cloud in der Corona-Pandemie ausgerollt und unterstützt viele Tausend Schulen beim digitalen Unterricht. Binnen eines halben Jahres gewinnt die HPI Schul-Cloud bundesweit 3.500 Schulen hinzu. Im Dezember 2020 schnellt die Zahl der Nutzerinnen und Nutzer der HPI Schul-Cloud auf mehr als eine Million. Zeitgleich werden Anwendungen technologisch schnellstmöglich auf die neuen Bedürfnisse zugeschnitten. So wird beispielsweise ein Videokonferenzsystem für das Lernen von zu Hause integriert. Der Lern-Store mit digitalen Bildungsinhalten wird verbessert, sodass Lehrkräfte sowohl länderspezifisch als auch bundesweit Lehrmaterialien nahtlos in ihren Unterricht aufnehmen können. Zudem können dank vieler Neuentwicklungen weitere wichtige Anwendungen in die Plattform integriert werden, sei es ein digitales Whiteboard oder eine interaktive Lernanwendung wie Bettermarks.

Mit dem Auslaufen des Forschungsprojekts am HPI am 31. Juli 2021 wurde die HPI Schul-Cloud von den Bundesländern Niedersachsen, Brandenburg und Thüringen in den Regelbetrieb überführt, die landesspezifische Varianten der HPI Schul-Cloud anbieten und diese gemeinsam weiterentwickeln werden. Knapp 4.000 Schulen und damit 1,4 Millionen Nutzer und Nutzerinnen arbeiten zum Zeitpunkt der Übergabe bundesweit sowie an den deutschen Auslandsschulen mit der HPI Schul-Cloud. Den technischen Betrieb und auch die technische Weiterentwicklung der Schul-Cloud für die drei Länder übernimmt die Dataport - Anstalt des öffentlichen Rechts (Dataport AöR).